Синъити Кудо - молодой детектив, который очень любит Шерлока Холмса и всячески подражает ему. Но все это не без оснований, ведь, несмотря на столь юный возраст, Синъити помог полиции раскрыть не одно дело и без его помощи, они вряд ли бы справились. Последнее дело, которое расследовал Кудо, касалось Черной организации, и практически выйдя на след преступников, парень попадает в их ловушку. Поймав Синъити, они дают ему некую таблетку, которая трансформирует его тело и превращает в семилетнего ребенка. Очнувшись, парень впадает в ступор и сразу же отправляется за помощью, к своему другу - ученному. Проведя некие исследования, он понимает, что не может ему помочь. Тогда, Кудо приходиться начать жизнь заново и продолжать работать, но под другим именем. Парень берет себе новое имя - Эдоган Конан и начинает собственное расследование Черной организации. А параллельно с этим, ему приходиться ходить в школу и вести обычную жизнь. Тем временем, Сихо Минано, которая и создала эти пилюли, решает покинуть группировку, но узнав об этом, ее главы тоже поймали девушку и превратили в ребенка того же возраста, что и Кудо. Теперь, девушка вынуждена объединиться с Конаном и агентами ЦРУ, дабы вернуть все как было.